Dopo aver avvistato il profilo del Monte Pascoal nell'aprile del 1500, Cabral e i suoi uomini navigarono per tre giorni risalendo la costa per trovare un punto d'attracco sicuro. I Portoghesi non sbarcarono a Porto Seguro ( letteralmente Porto Sicuro), ma 16 km più a nord, a Coroa Vermelha. Si trattò del primo sbarco ufficiale dei Portoghesi in terra brasiliana. I naviganti celebrarono la prima messa nella Nuova Terra, fecero provviste e salparono dopo solo dieci giorni dallo sbarco. Tre anni più tardi arrivò la spedizione di Gonçalvo Coelho, che lasciò un segno del proprio passaggio in quella che oggi è la Cidade Alta di Porto Seguro. I gesuiti che facevano parte della stessa spedizione costruirono una chiesa, oggi in rovina, Outeiro da Gloria.

Nel 1526 nella Cidade Alta fu costruito un avamposto navale con una cappella ( Igreja NS da Misericordia) e un convento.

Nel 1534, quando le colonie furono suddivise in capitanerie assegnate per diritto ereditario, Porto Seguro fu ceduta a Pero de Campos Tourinhos, che fondò Porto Seguro e sette altri villaggi ognuno con la propria chiesa. Nonostante le chiese, Tourinhos fu denunciato alle autorità della

Santa Inquisizione perché ateo, sembra infatti che il capitano non onorasse le feste e, peggio ancora, costringesse i coloni a lavorare di domenica, un atto blasfemo nei confronti di Dio ( oltre che un abuso della manodopera a basso costo). Tourinhos fu rispedito in Portogallo lasciando la capitaneria a suo figlio.

I Tupininquin, e non Pataxò, erano la tribù indigena presente attorno a Porto Seguro all'epoca dello sbarco dei portoghesi essi furono rapidamente sconfitti e ridotti in schiavitù dai coloni, mentre gli Aimorè, i Pataxò, Cataxò e altre tribù dell'interno resistettero alle spinte colonizzatrici dei Portoghesi e rappresentarono una costante minaccia per Porto Seguro.

Gli avamposti militari lungo la costa, come Belmonte, Vila Viçosa, Prado e Alcobaça, furono costruiti per difendere i Portoghesi dagli attacchi degli Europei dal mare e dalle incursioni degli indios da terra. Gli indios riuscirono comunque ad avere ragione di Porto Seguro in due occasioni e, stando ai documenti inviati dai giudici delle colonie alla Corona del Portogallo nel 1612 gli attacchi ridussero Porto Seguro in macerie (in contrasto con la pretesa di Porto Seguro di conservare edifici del XVI secolo).